Superagenten Ethan Hunt og hans kolleger fra IMF-bureauet kommer under angreb fra Syndikatet - en hemmelig organisation af frafaldne agenter, der vil udrydde IMF. Og da IMF har lavet nogle operationer, som har været skyld i store ødelæggelser, vil regeringen nedlægge IMF og lægge den ind under CIA. Ethan Hunt ender på flugt fra sine tidligere arbejdsgivere og må på en gang både rense sit navn, sætte Syndikatet ud af spillet og redde stumperne af IMF. For at gøre det henter han hjælp fra både nye og gamle allierede.