"IS" steht für "intersexuell", ein Begriff, der sich auf Menschen, die nicht eindeutig als männlich oder weiblich klassifiziert werden können, und biologische Merkmale beider Geschlechter aufweisen. IS ~Otoko Demo Onna Demo Nai Sei~ handelt um den Jungen Hoshima Haru, dessen Probleme in dieser Serie sehr erkenntlich werden. Hoshino Haru, ist ein intersexuelle Junge, der bei der Geburt als Mädchen registriert wurde, aber er wurde als Junge erzogen.
Aihara Miwako, ist eine geheimnisvolle Klassenkameradin, die versucht, in der Nähe von Haru zu kommen. Ibuki Kenji, ist Mitglied eines Fußballvereins. Als Haru, Kenji näher kommt, beginnt in ihr ein Chaos der Gefühle...