Creo que ahora empiezo a entenderlo… Tienes miedo de perder cosas, ¿verdad? Ahora es otoño. La lucha del protagonista y su grupo S.E.E.S contra las Shadows se acerca a su final. Makoto y sus aliados libran batallas a vida o muerte contra las Shadows para poner fin a la Dark Hour. A través de estas batallas, algunos tienen que enfrentarse a la muerte de amigos o familiares, otros tienen que darse cuenta de qué cosas preciadas deben proteger, y otros deben encontrar el sentido de las batallas en las que toman parte. En frente de Makoto aparece Ryoji Mochizuki, el misterioso estudiante transferido. Cuando el grupo da la bienvenida a una nueva mañana, las ruedas del destino comienzan a moverse. Una lucha que gira en torno a cada uno de los vínculos de los héroes…