2415 yılında geçen filmde Aeon Flux, ailesi hükümet ajanları tarafından öldürülünce, intikam isteğiyle yanıp tutuşmaktadır. Duvarlarla çevrili Bregna kentinin diktatör liderlerine karşı yeraltı isyanı başlatan Aeon Flux’a, kentin tek kural koyucusu olan Trevor Goodchild’a suikast düzenleme görevi verilir. Ancak bir sınavdan geçmesi gerekmektedir.